羽翼渐丰 Windows CE 4.x
Windows CE 4.0 .NET 核心于 2002 年 1 月发表，但一直要到 2003 年 6 月后，采用 Windows CE 4.x .NET 核心的 Pocket PC 才逐渐增加，原因是微软当时发表了全新的作业系统 Windows Mobile 2003。微软将行动作业系统统一称为 Windows Mobile，代表了微软对行动装置的重视。而为了对应于不同的硬体，Windows Mobile 2003 旗下尚有 for PPC Phone 以及 for Smartphone 两个版本。
Windows Mobile 2003 主要更新部分包括蓝芽及无线网路的连线简化、媒体播放器升级为 Windows Media Player 9 以及新增图片编辑的功能。到了此时，行动装置厂商开始一窝蜂地制造 PDA 手机以及 Smartphone，较著名的有 Dopod 565、ETEN P300、HP iPAQ h6300、MiTAC Mio 8390 等。
追加再改版
然而，由于硬体技术的进步，直式荧幕已无法满足使用者横式观赏影片或是拍照的需求，因此微软在 2004 年 3 月推出了 Windows Mobile 2003 Second Edition，新增直／横式荧幕转换、支援 VGA 解析度荧幕和正方形荧幕，同时也作了一些软体修正。采用 WM2003 SE 的装置又更多了，包括 ASUS P505、Dopod 699、700、818、ETEN M500、MOTO MPx220 等，不计其数。
凌空凤凰 Windows CE 5.0
2005 年 5 月微软再接再厉推出以全新 WinCE 5.0 为核心的作业系统 Windows Mobile 5.0。WM5 最重要的特点就是支援 3G 网路，因此促成世界第一款 3G PDA 手机 HTC Universal（Dopod 900）的诞生。另一个重要的更新就是具备永续性记忆体储存，以往手机没电造成所有安装的程式及档案消失的恐惧将不再发生。
支援机种繁多
WM5 其他重要的更新还包括：Pocket Office 改名为 Office Mobile，并加入 PowerPoint Mobile；Windows Media Player 更新为第 10 版；增加软体键的支援，让使用者单手也可轻松使用 PDA；支援外接硬碟以及 USB 2.0；以及提高个人资讯管理（PIM）与电话功能的整合。搭载 WM5 的 PDA phone 与 Smartphone 有：ASUS P525、AnexTEK moboDA 3360、BenQ-Siemens P51、Dopod S300、ETEN M600 等，族繁不及备载。
Windows Mobile 的未来
WM5 纵使技术已经十分先进，但想当然尔它不会是最后一版作业系统。据了解微软已经在开发代号为 Crossbow 的 Windows Mobile 5.5（或 WM5 SE），会与未来的 Office 2007 作紧密结合，最快于 2006 年底发表。而后续代号 Yamazaki 与 Photon 的下二版 Windows Mobile 则尚无时程表或功能概览，不过随着科技的日新月异，我们可以期待微软在不久的将来会继续为行动一族带来更多惊喜。