可选技术
有许多其它的有损音频编解码存在，其中包括：
* MPEG-1/2 Audio Layer 2 (MP2)，MP3的前辈；
* MPEG-4 AAC, MP3的继承者，Apple的iTunes Music Store和iPod使用；
* Xiph.org Foundation的Ogg Vorbis，自由软件和没有专利的编解码器；
* MPC，也称作Musepack（以前叫MP+），由MP2派生出来；
* Thomson Multimedia的MP3和SBR的组合mp3PRO；
* AC-3，Dolby Digital和DVD中使用；
* ATRAC，Sony的Minidisc使用;
* Windows Media Audio（WMA）来自于微软公司；
* QDesign, 用于低速QuickTime；
* AMR-WB+ 针对蜂窝电话和其它有限带宽使用进行了优化的增强自适应多速宽带编解码器（Enhanced Adaptive Multi Rate WideBand codec）；
* RealNetworks的RealAudio，经常用于网站的流媒体；
* Speex，基于CELP的专门为语音和VoIP设计的自由软件和无专利编解码器。
mp3PRO、MP3、AAC、和MP2都是同一个技术家族中的成员，并且都是基于大致类似的心里声学模型。Fraunhofer Gesellschaft拥有许多涵盖这些编解码器所用技术的基本专利，Dolby Labs、索尼公司、Thomson Consumer Electronics和AT&T拥有其它一些关键专利。
在因特网上有一些其它无损音频压缩方法。尽管它们与MP3不同，它们是其它压缩机制的优秀范例，它们包括：
* FLAC 表示’自由无损音频编解码（Free Lossless Audio Codec）’
* Monkey’s Audio
* SHN，也称为Shorten
* TTA
* Wavpack
* Apple Lossless
听觉测试试图找出特定位速下的最好质量的有损音频编解码。在128kbit/s下，Ogg Vorbis、AAC、MPC和WMA Pro性能持平处于领先位置，LAME MP3稍微落后。在64kbit/s下，AAC-HE和mp3pro少许领先于其它编解码器。在超过128kbit/s下，多数听众听不出它们之间有明显差别。什么是“CD音质”也是很主观的：对于一些人来说128kbit/s的MP3就足够了，而对于另外一些人来说必须是200kbit/s以上的位速。
尽管如WMA和RealAudio这些新的编解码器的支持者宣称它们各自的算法能够在64kbit/s达到CD音质，听觉测试却显示了不同的结果；然而，这些编解码器在64kbit/s的音质明显超过同样位速下MP3的音质。无专利的Ogg Vorbis编解码器的开发者宣称它们的算法超过了MP3、RealAudio和WMA的音质，上面提到的听觉测试证实了这种说法。Thomson宣称它的mp3PRO 在64kbit/s达到了CD音质，但是测试者报告说64kbit/s的mp3Pro文件与112kbit/s的MP3文件音质类似，但是直到 80kbit/s时它才能接近CD音质。
专门为MPEG-1/2视频设计的、优化的MP3总体上在低于48kbit/s的单声道数据和低于80kbit/s的立体声上表现不佳。
授权和专利问题
Thomson Consumer Electronics在认可软件专利的国家控制着MPEG-1/2 Layer 3 专利的授权，这些国家包括美国和日本，欧盟国家不包括在内。Thomson积极地加强这些专利的保护。Thomson已经在欧盟国家被欧洲专利局（:en:European Patent Office授予软件专利，但是还不清楚它们是否会被那里的司法所加强。参见欧洲专利协定中的软件专利（:en:Software patents under the European Patent Convention）。
关于Thomson专利文件、授权协议和费用的最新信息请参考它们的网站mp3licensing.com。
在1998年9月，Fraunhofer Institute向几个MP3软件开发者发去了一封信声明“发布或者销售编码器或者解码器”需要授权。这封信宣称非经授权的产品“触犯了 Fraunhofer和THOMSON的专利权。制造、销售或者发布使用[MPEG Layer-3]标准或者我们专利的产品，你们需要从我们这里获得这些专利的授权协议。”
这些专利问题极大地减慢了未经授权的MP3软件开发并且导致人们的注意力转向开发和欢迎其它如WMA和Ogg Vorbis这样的替代品。Windows开发系统的制造商微软公司从MP3专向它们自有的Windows Media格式以避免与专利相关的授权问题。直到那些关键的专利过期之前，未经授权的编码器和播放器在认可软件专利的国家看起来都是非法的。
尽管有这些专利限制，永恒的MP3格式继续向前发展；这种现象的原因看起来是由如下因素带来的网络效应：
* 熟悉这种格式，不知道有其它可选格式存在，
* 这些可选格式没有普遍地明显超过MP3的优势这样一个现实，
* 大量的MP3格式音乐，
* 大量的使用这种格式的不同软件和硬件，
* 没有DRM保护技术，这使得MP3文件可以很容易地修改、复制和通过网络重新发布，
* 大多数家庭用户不知道或者不关心软件专利争端，通常这些争端与他们个人用途而选用MP3格式无关。
另外，专利持有人不愿对于开源解码器加强授权费用的征收，这也带来了许多免费MP3解码器的发展。另外，尽管他们试图阻止发布编码器的二进制代码， Thomson已经宣布使用免费MP3编码器的个人用户将不需要支付费用。这样，尽管专利费是许多公司打算使用MP3格式时需要考虑的问题，对于用户来说并没有什么影响，这就带来了这种格式的广受欢迎。
Sisvel S.p.A. [1]和它的美国子公司Audio MPEG, Inc. [2]以前曾经以侵犯MP3技术专利为由起诉Thomson[3]，但是那些争端在2005年11月最终以Sisvel给Thomson MP3授权而结束。Motorola最近也与Audio MPEG签署了MP3的授权协议。由于Thomson和Sisvel都拥有他们声称编解码器必需的单独的专利，MP3专利的法律状态还不清晰。
Fraunhofer的专利将在2010年4月到期，到了那时MP3算法将不再受专利保护。